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研究结果表明，单倍型A是洪河遗址家犬的主要母系单倍型，其中大多数A型家犬显示出与东北亚地区以及太平洋诸岛的家犬相似的遗传关系，并与其他地区中国古代样本距离较远，而个别样本与美洲及俄罗斯远东地区古代家犬距离较近，可能暗示着两者之间存在一定联系。此外，洪河遗址还发现了B型、C型两个欧洲家犬的主要单倍型。